2104 ในรัชกาลของสมเด็จพระมหาจักรพรรดินั้นเอง ได้มีพระบรมราชโองการให้เอาสังฆราชวัดป่าแก้วไปสำเร็จโทษ ฐานฝักใฝ่ให้ฤกษ์ยามแก่ฝ่ายกบฎพระศรีศิลป์ พ. 2135 และในแผ่นดินของพระนเรศวรมหาราช มีเหตุการณ์สำคัญที่ชวนให้เข้าใจว่ามีการสร้างปฏิสังขรณ์เจดีย์ประธานวัด จึงทำให้เชื่อว่าเป็นที่มาของชื่อวัดใหญ่ชัยมงคล มีเหตุการณ์สำคัญที่ชวนให้เข้าใจว่ามีการสร้างปฏิสังขรณ์เจดีย์ประธานวัด เพื่อเฉลิมพระเกียรติยศของพระองค์ที่ได้ชัยชนะพระมหาอุปราชแห่งพม่า จึงทำให้เชื่อว่าเป็นที่มาของชื่อวัดใหญ่ชัยมงคล ซึ่งเจดีย์ชัยมงคลอนุสรณ์แห่งชัยชนะอันยิ่งใหญ ่ที่สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงรบชนะ มังกะยอชวาพระมหาอุปราชของหงษาวดี ที่ต. หนองสาหร่าย จ.
2500 โดยได้ชื่อว่าวัดใหญ่ชัยมงคล โดยมีพระครูภาวนาพิริยคุณ (เปลื้อง วิสฏฺโฐ) ได้นำคณะพระภิกษุสงฆ์ สามเณร และแม่ชี หักร้างถางพง ฟื้นฟูวัดแห่งนี้จนได้รับการยกฐานะจากวัดร้างเป็นวัดราษฎร์ที่มีพระภิกษุจำพรรษา ในปี พ.